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1789年大革命后，法國處在混亂的局面，極度缺乏工程師和高級干部：許多官離職了，所有大學(xué)都因為國民公會的一項決議而關(guān)閉，幾年的無人看管的國家運(yùn)輸網(wǎng)絡(luò)也亟需重要修復(fù)、改善，新的基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)也十分必要。救國委員會通過共和歷2年風(fēng)月21日（即公元1794年3月11日）的決議成立了一個公共工程委員會。雅克-埃里·朗布拉迪、加斯帕爾·蒙日和拉扎爾·卡諾被委任建立一所新的“中央公共工程學(xué)院”。
這所學(xué)校被安排在波旁宮殿，于1794年12月21日正式開始運(yùn)轉(zhuǎn)，當(dāng)時在場的有已經(jīng)招入的272名學(xué)生，以及許多名人，比如福爾科洛瓦、拉格朗日。經(jīng)過第二輪的考試期，第一屆的400名學(xué)生被選拔出來，將進(jìn)行為期三年的數(shù)學(xué)、物理化學(xué)的學(xué)習(xí)。但早期的學(xué)校遇到了許多困難：實驗室尚未就緒，一些老師資質(zhì)平庸，最初的課有時只有30多名學(xué)生聽。學(xué)校的領(lǐng)導(dǎo)者之一Claude Prieur決定對學(xué)校實施改造。根據(jù)共和歷3年果月15日（即公歷1795年9月1日）的法律，學(xué)校被重新命名為“綜合理工學(xué)院”，并被轉(zhuǎn)移到了拉塞公館?！熬C合理工”這個形容詞第一次出現(xiàn)，是在學(xué)校自己發(fā)行的一份名為“中央公共工程學(xué)院的綜合理工教學(xué)大綱”的文件中，這個詞是用來象征教學(xué)內(nèi)容的多樣性的。

1805年，拿破侖一世將學(xué)校變?yōu)檐娦?，并把學(xué)校放到了巴黎圣日內(nèi)維耶山，安置在原來的Navarre, Tournai和Boncourt三所學(xué)校的地址（今天的法國高等教育和科研部）上。拿破侖認(rèn)為“給那些不是出身富裕家庭的孩子以先進(jìn)的教育是危險的”，于是他停止了學(xué)校的免費(fèi)制度，制定了高昂的年學(xué)費(fèi)，并修改了入學(xué)考試的選拔制度，使得在那些付費(fèi)的中學(xué)學(xué)習(xí)的經(jīng)歷成為入學(xué)必不可少的條件，而這些學(xué)校只有那些有產(chǎn)階級的孩子才能上的起。
1816年4月13日，學(xué)校被路易十八通過他的內(nèi)政部長Vaublanc伯爵以紀(jì)律渙散為由解散。1817年1月17日，它又以“皇家綜合理工學(xué)院”為名重新建立起來。在第二帝國期間，學(xué)校的名稱是“帝國綜合理工學(xué)院”。
19世紀(jì)中期開始，因為綜合理工學(xué)院的數(shù)學(xué)教育十分突出，學(xué)校開始被昵稱為“X”.。
1970年起，學(xué)校不再是軍校，但仍隸屬于國防部。學(xué)校的法國學(xué)生在軍銜上都是學(xué)生軍官，然后是軍官。學(xué)校由一名現(xiàn)役將軍領(lǐng)導(dǎo)。1972年起，這所軍隊的學(xué)校被允許招收女性學(xué)生。1972年當(dāng)年有7名女生考進(jìn)綜合理工，其中就有當(dāng)年的第一名安娜·肖賓奈。1976年，學(xué)校搬到了帕萊索的校園，面積186公頃，建筑面積達(dá)到了155 000平方米。有3200人在校園工作，其中一半在研究中心。

綜合理工學(xué)院在法國高等教育界的威望源于它最初的軍事化、貴族化的辦學(xué)模式，源于它出眾的教師隊伍，源于它每一屆很小的招收規(guī)模和它那在所有工程師大學(xué)校中最具選拔性的入學(xué)競考，源于它的學(xué)生的社會家庭背景以及在國家高級機(jī)關(guān)職團(tuán)中“綜合理工人”的大比例出現(xiàn)。
2009年3月19日，學(xué)校的行政會議通過了向?；罩屑尤搿鞍屠韪呖啤弊謽拥臎Q定，學(xué)校的正式名稱仍然不變。