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馬尼拉集中了許多所高等學府，有早期建市的雅典耀馬尼拉大學、德拉剎大學，也有20世紀以來建立的菲律賓大學、菲律賓師范學院、菲律賓女子大學、阿布阿拉木大學、東方大學、亞洲經(jīng)濟管理學院等，其中圣托馬斯大學是菲律賓最古老的天主教大學，創(chuàng)立于1611年，濃綠的大學校園內分布著很多教堂，校舍也都是古典式建筑。大學內附設一個博物館，展出很多稀世珍寶，菲律賓的許多杰出人物都畢業(yè)于這所大學。
馬尼拉四大名校：菲律賓國立大學（2013QS世界大學最新排名301-400段第48位），德拉薩大學，圣托馬斯大學和雅典耀大學。 菲律賓大學是根據(jù)菲律賓首屆立法機構頒發(fā)的第1870號法令（亦稱大學憲章）于1908年6月18日創(chuàng)辦的，實際上是依靠美國人，并按照蘭德公司資助大學的模式，為菲律賓人開辦的一所大學。該校的第一任校長是美國人默里·巴特利特博士（Murray Bartlett）。經(jīng)過85年的發(fā)展，現(xiàn)已是菲律賓規(guī)模最大的國立綜合性大學。

建校之初，全校僅有兩個教學單位，即1908年成立的美術學院和農(nóng)學院。1910年，菲律賓醫(yī)科學校（成立于1907年）并入菲律賓大學，并于1923年擴大為醫(yī)學院。在建校后的頭10年內，該校先后建成了醫(yī)學系、工程學院、教育學院、音樂學院、法學院、文學系、獸醫(yī)學系等7個院系，第二任校長是菲律賓人伊格納西奧·比利亞莫爾（Ignacio Villamor）。他重視課程設置，希望建立一支在教學和科研領域均有競爭性的教師隊伍，并逐步使他們菲律賓化。菲律賓大學在第四任校長拉斐爾·帕爾馬（Rafael Palma）執(zhí)政期內（1923-1934年）發(fā)展較快。校長積極維護學術自由，但反對把大學辦成與世隔絕的象牙塔。
1941年12月，菲律賓被日本占領，在第二次世界大戰(zhàn)中，該校校舍遭到破壞，正常的教學活動受到極大影響，當時只有部分院系開課。 1945年6月，比恩韋尼多·M·岡薩雷斯博士（Bienvenido M Gonzalez）再次當選為校長后（他曾于1939年起擔任第六任校長，1943年被迫辭職），開始制定搬遷校址計劃。1948年12月，即在校慶40周年時，設在馬尼拉市的菲律賓大學除醫(yī)學院和衛(wèi)生研究所外，全部遷至大馬尼拉市的另一個重要城鎮(zhèn)奎松市的迪利曼。

1953年，該校根據(jù)克拉克空軍基地（全國最大空軍基地）的要求，共同設立菲律賓大學克拉克空軍基地學院?，F(xiàn)開設3個本科生專業(yè)和3個研究生專業(yè)。
1968年，菲律賓大學已擁有28個學院（分散在3個校園內）和5個地方性學院（其中碧瑤學院規(guī)模最大，自1961年重新組建后，先后開設9個本科專業(yè)和兩個碩士學位專業(yè)）。
1972年11月20日，當時的共和國總統(tǒng)馬科斯下令對菲律賓大學進行重大改組，旨在將該校辦成全國一流大學，同時實施統(tǒng)一和分散相結合的管理體制，部分學術機構獲得自主權。第十一任校長薩爾瓦多·P·洛佩斯（Salvador P Lopez）博士于1969年上任后積極推行民主協(xié)商制，擴大教學和科研設施，增加教職工薪金，建立助學金制度，學校規(guī)模進一步擴大。1973年1月1日，大學董事會正式批準成立第一個分?！逅拱湍釆W斯分校，具體落實分散管理和分校自治的機構改革方案。該分校在馬尼拉以南80千米處，那里是菲律賓主要農(nóng)業(yè)區(qū)和全國最大的森林自然保護區(qū)，是開展農(nóng)林專業(yè)教學和科學實驗的最佳地區(qū)。1977年，大學董事會決定在馬尼拉市建立保健科學中心，1979年，菲律賓大學馬尼拉分校正式成立。馬尼拉校園和迪利曼校園位于首都區(qū)，因此，教學和科研以人文科學、社會科學、自然科學、技術科學和醫(yī)學為主。同年5月，第三個分?！咨驰撤中Ｐ汲闪?，該分校位于馬尼拉東南，是漁場和水產(chǎn)養(yǎng)殖基地，因此側重開辦漁業(yè)、水產(chǎn)業(yè)等專業(yè)。這種因地制宜的辦學方針既有利于地方和國家的經(jīng)濟發(fā)展，也適應各地青年的入學要求。

菲律賓大學于1979年同邦板牙省政府簽署實施推廣教計劃，在該省省會圣費爾南多市招收本科生117名，研究生40名，本科生專業(yè)包括經(jīng)濟學、工商管理、心理學，碩士生專業(yè)是管理學。
1982年4月26日，既是分校又是總部所在地的迪利曼校園正式建成。
1984年，第二個推廣教學點在奧隆加波市開設管理碩士學位專業(yè)。 圣多湯瑪士大學創(chuàng)立于1611年4月28日，是亞洲地區(qū)最古老的大學也是世界上最大單一校園區(qū)的天主教大學。它是它由馬尼拉第三大主教Msgr.Miguel Benavidez,O.P.,與Frs. Domingo de Nieva及Bernardo de Santa Catalina合力創(chuàng)辦，原本是一所欲培育年輕人欲成為教士的學校。圣多湯瑪士位于Walled city 內，在1624年College被公證授予神學學位、哲學學位及藝術學位，在1645年11月20日時，崇高致上的教宗提升College為University。
1902年9月17日，教宗Leo(XIII)認定圣多湯瑪士為”教宗大學”，在1947年，教宗Pius(XII)給予一頭銜 “菲律賓天主教大學”。1927年，為延續(xù)招生，此大校園區(qū)搬移至Sampaloc的行政區(qū)內，占有面積為21公頃，校園內建筑幾乎都是歐洲古代式風格，相當優(yōu)美，在此校園內漫步，讓人猶如置身16世紀。為了表揚彰顯貴族的成就制度，許多重要的高官貴人為此職務上的參訪此大學，其中，這三十幾年來，參訪過的有：陛下保羅六世于1970年，王子Juan Carlos于1974年，加爾各答修女院長Teresa于1977年及1984年，教宗約翰·保羅二世于1981及1995年。此校在國際上的評價相當高，有資格擠進世界上第一流大學之列，在菲律賓更是與菲律賓國立大學齊名，在菲律賓排名第五。