1810年柏林大學創(chuàng)校，到第二次世界大戰(zhàn)結(jié)束為止，柏林原本只有一個“柏林大學”，而大學師生也很驕傲地以拉丁文校名「Alma mater berolinensis」自稱。冷戰(zhàn)期間，柏林大學被劃入東柏林境內(nèi)，部分師生從原校出走，并在美英等西方陣營的支持下，1948年于西柏林成立了“自由的柏林大學”（即今柏林自由大學），成為西德學術(shù)重鎮(zhèn)。 「真理、公平、自由」（Veritas - Iustitia - Libertas. ）是柏林自由大學建校以來的校訓。柏林大學分裂之后，位于東柏林的原址校區(qū)則于1949年改名為現(xiàn)今的柏林洪堡大學，以紀念大學創(chuàng)辦人、德國著名教育改革家威廉·馮·洪堡兄弟。
在華文世界中，“柏林大學”一詞在1948年之前專指今天的柏林洪堡大學（例如小說圍城中所稱的柏林大學）。冷戰(zhàn)結(jié)束前，“柏林大學”則普遍又指的是柏林自由大學。這兩所“柏林大學”如今是各自獨立的大學，但由于政府預算吃緊，兩所“柏林大學”逐漸開始在較多領(lǐng)域合作、合并，兩校的醫(yī)學院就于2003年合并成柏林大學夏麗特醫(yī)學院（Charité - Universitätsmedizin Berlin）。