重慶醫(yī)藥高等?？茖W校的前身是創(chuàng)建于1948年的中國人民解放軍華東野戰(zhàn)軍第一后方醫(yī)院衛(wèi)生學校；1950年，更名為西南區(qū)川東醫(yī)士學校；1953年，改名為重慶市衛(wèi)生學校，后更名為四川省重慶醫(yī)士學校；1956年，學校一分為二，成立四川省重慶醫(yī)士學校；1958年，升格為重慶醫(yī)學?？茖W校，后更名為四川省重慶衛(wèi)生學校；1998年，更名為重慶市衛(wèi)生學校；2006年，重慶市藥劑學校、重慶市衛(wèi)生學校、重慶市第二衛(wèi)生學校合并升格成立重慶醫(yī)藥高等專科學校。
截至2015年9月，重慶醫(yī)藥高等?？茖W校占地面積543畝，建有八個教學院部，開設22個高職?？茖I(yè)；共有教師671人，在校生11000余人。 [2]
1948年春，學校創(chuàng)建于山東省廣饒縣，為中國人民解放軍華東野戰(zhàn)軍第一后方醫(yī)院衛(wèi)生學校。
1950年春，學校隨中國人民解放軍第二野戰(zhàn)軍解放大西南進川入渝，落戶重慶，后更名為西南區(qū)川東醫(yī)士學校。
1951年春，由中華基督教衛(wèi)理公會1924年創(chuàng)辦的寬仁高級護士職業(yè)學校并入西南區(qū)川東醫(yī)士學校。
1952年春，中國人民解放軍皖西軍區(qū)創(chuàng)建的川東軍區(qū)衛(wèi)生學校并入西南區(qū)川東醫(yī)士學校，后更名為西南川東衛(wèi)生學校。
1953年夏，西南川東衛(wèi)生學校與西南藥科學校、重慶工礦衛(wèi)生學校合并，改名為重慶市衛(wèi)生學校。后更名為四川省重慶醫(yī)士學校。
1956年夏，四川省重慶醫(yī)士學校一分為二，成立四川省重慶藥劑學校和四川省重慶醫(yī)士學校。
1958年夏，四川省重慶醫(yī)士學校升格為重慶醫(yī)學?？茖W校；同年秋，江津專區(qū)衛(wèi)生學校在重慶江津誕生（后更名為四川省重慶第二衛(wèi)生學校）。
1960年春，四川省重慶藥劑學校升格為重慶衛(wèi)生檢驗?？茖W校（1961年夏更名為四川省重慶藥劑學校）。
1962年夏，由重慶基督教英美會仁濟醫(yī)院1921年創(chuàng)辦的仁濟高級護士職業(yè)學校和重慶天主教會仁愛堂醫(yī)院
重慶醫(yī)科高等?？茖W校
重慶醫(yī)科高等?？茖W校(14張)
1943年創(chuàng)辦的仁愛高級護士職業(yè)學校合并組建而成的四川省重慶護士學校并入重慶醫(yī)學?？茖W校，后更名為四川省重慶衛(wèi)生學校。
1980年秋，四川省重慶藥劑學校被教育部確定為全國重點中等專業(yè)學校。
1998年春，重慶市直轄后，四川省重慶藥劑學校、四川省重慶衛(wèi)生學校、四川省重慶第二衛(wèi)生學校分別更名為重慶市藥劑學校、重慶市衛(wèi)生學校、重慶市第二衛(wèi)生學校。
2006年春，經(jīng)國家教育部批準，重慶市藥劑學校、重慶市衛(wèi)生學校、重慶市第二衛(wèi)生學校三校合并升格成立重慶醫(yī)藥高等?？茖W校。
2009年秋，入駐重慶大學城新校區(qū)。
2010年冬，順利通過第一輪教學評估。
2011年春，該校江津校區(qū)整體置換移交江津區(qū)教委。此后，學校分大學城、沙坪壩、九龍坡三個校區(qū)運行，總占地618畝。
2013年夏，該沙坪壩校區(qū)整體搬入大學城校區(qū)。
2014年冬，順利通過市級示范校建設驗收。 [3]
2020年8月，入選第二批國家現(xiàn)代學徒制試點單位。
2020年起，學校與重慶科技學院聯(lián)合開辦“3+2專本貫通分段培養(yǎng)項目”本科專業(yè)。