南京醫(yī)藥類大學(xué)排名第一的是中國藥科大學(xué)，排名第二的是南京中醫(yī)藥大學(xué)，排名第三的是南京醫(yī)科大學(xué)，以下是相關(guān)信息，供大家參考。
| 序號 | 名稱 | 主管 | 城市 | 公/民 | 985 | 211 | 雙一流 |
| 1 | 中國藥科大學(xué) | 教育部 | 南京 | 公辦 | 否 | 是 | 是 |
| 2 | 南京中醫(yī)藥大學(xué) | 江蘇省 | 南京 | 公辦 | 否 | 否 | 是 |
| 3 | 南京醫(yī)科大學(xué) | 江蘇省 | 南京 | 公辦 | 否 | 否 | 是 |
中國藥科大學(xué)
中國藥科大學(xué)（China Pharmaceutical University）位于江蘇省南京市，是中華人民共和國教育部直屬的多科性重點大學(xué)，是國家“世界一流學(xué)科建設(shè)高校”、國家“211工程”和“985工程優(yōu)勢學(xué)科創(chuàng)新平臺”建設(shè)高校，入選國家“111計劃”、新工科研究與實踐項目、中國政府獎學(xué)金來華留學(xué)生接收院校，是教育部“卓越工程師教育培養(yǎng)計劃”的醫(yī)藥院校。
中國藥科大學(xué)始建于1936年，原名國立藥學(xué)專科學(xué)校（本科四年制）。1937年遷往漢口，1938年遷往重慶，1946年回遷南京。1950年更名為華東藥學(xué)?？茖W(xué)校。1952年，齊魯大學(xué)藥學(xué)系和東吳大學(xué)藥學(xué)專修科并入學(xué)校，成立華東藥學(xué)院。1953年中南衛(wèi)生?？茖W(xué)校藥劑專修科并入學(xué)校。1956年更名為南京藥學(xué)院。1986年與籌建中的南京中藥學(xué)院合并，成立中國藥科大學(xué)。1996年，成為國家“211工程”重點建設(shè)大學(xué)。2000年，學(xué)校由國家藥品監(jiān)督管理局整體劃轉(zhuǎn)教育部管理。2001年江蘇省藥科學(xué)校并入學(xué)校。
南京中醫(yī)藥大學(xué)
南京中醫(yī)藥大學(xué)始建于1954年，是中國建校最早的高等中醫(yī)藥院校之一，是教育部和江蘇省共建的國家“雙一流”世界一流學(xué)科建設(shè)高校，是江蘇省人民政府與國家中醫(yī)藥管理局共建高校、江蘇省重點建設(shè)高校、江蘇省高水平大學(xué)建設(shè)高校，是世界一流中醫(yī)藥大學(xué)建設(shè)聯(lián)盟、長三角醫(yī)學(xué)教育聯(lián)盟創(chuàng)始成員，是世界衛(wèi)生組織（WHO）傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)合作中心、國家衛(wèi)生部確定的國際針灸培訓(xùn)中心、全國首批博士和碩士學(xué)位授權(quán)單位、全國古籍重點保護(hù)單位、全國中醫(yī)師資進(jìn)修教育基地、國家建設(shè)高水平大學(xué)公派研究生項目實施高校、國家“特色重點學(xué)科項目”建設(shè)高校、國家“卓越醫(yī)生（中醫(yī)）教育培養(yǎng)計劃”改革首批試點高校、國家級人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)、中國政府獎學(xué)金來華留學(xué)生接收院校。
南京中醫(yī)藥大學(xué)不僅主持編寫了第一套中醫(yī)高等教育教材和教學(xué)大綱，也為新中國現(xiàn)代高等中醫(yī)教育輸送了第一批師資，培養(yǎng)并誕生了承淡安、葉橘泉等新中國中醫(yī)藥界最早的學(xué)部委員（院士），從這里走出了9位“國醫(yī)大師”（占全國的三分之一）、5位中醫(yī)藥界院士（占全國的二分之一），被譽為“新中國高等中醫(yī)教育的搖籃”。
南京醫(yī)科大學(xué)
南京醫(yī)科大學(xué)（Nanjing Medical University）是首批教育部、國家衛(wèi)生和計劃生育委員會、江蘇省共建高校和江蘇高水平大學(xué)建設(shè)高校，是教育部“卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計劃”試點高校、國家建設(shè)高水平大學(xué)公派研究生項目實施高校、國家“特色重點學(xué)科項目”建設(shè)高校、中國政府獎學(xué)金來華留學(xué)生接收院校、江蘇省高層次人才培養(yǎng)計劃“333工程”培訓(xùn)基地，長三角醫(yī)學(xué)教育聯(lián)盟創(chuàng)始成員。
學(xué)校創(chuàng)建于1934年，時名江蘇省立醫(yī)政學(xué)院。1957年，由鎮(zhèn)江遷至南京，更名為南京醫(yī)學(xué)院。1962年，被列為全國首批六年制醫(yī)藥院校。1981年，被批準(zhǔn)為全國首批博士、碩士學(xué)位授予單位。1993年，更名為南京醫(yī)科大學(xué)。2015年9月，獲準(zhǔn)成為首批教育部、國家衛(wèi)生計生委與省政府共建醫(yī)學(xué)院校。