學(xué)校設(shè)有檢驗系、藥學(xué)系、醫(yī)學(xué)系、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)系、公共部和思想政治理論課部等6個系（部）和1個藥物研究所，開設(shè)有醫(yī)學(xué)檢驗技術(shù)、藥學(xué)、護(hù)理、臨床醫(yī)學(xué)、中藥、衛(wèi)生檢驗與檢疫技術(shù)、醫(yī)學(xué)生物技術(shù)、公共衛(wèi)生管理、藥物分析技術(shù)、藥品經(jīng)營與管理、醫(yī)學(xué)檢驗技術(shù)（病理檢驗技術(shù)方向）、醫(yī)學(xué)檢驗技術(shù)（輸血技術(shù)方向）、康復(fù)治療技術(shù)、醫(yī)療保險實務(wù)、醫(yī)學(xué)文秘等15個專業(yè)和專業(yè)方向。2013年申報了口腔醫(yī)學(xué)、醫(yī)學(xué)影像技術(shù)、口腔醫(yī)學(xué)技術(shù)等專業(yè)，迎接省教育廳和教育部的評估。建有中央財政支持的實訓(xùn)基地1個，中央財政支持提升專業(yè)服務(wù)產(chǎn)業(yè)能力建設(shè)項目1個，省財政支持提升專業(yè)服務(wù)產(chǎn)業(yè)能力建設(shè)項目1個，省級示范實習(xí)實訓(xùn)基地7個，省級特色專業(yè)建設(shè)點2個，省級教學(xué)團(tuán)隊2個，省級精品課程1門，省級高等學(xué)校優(yōu)秀教材4門，省級“十二五”規(guī)劃教材5門。校外實習(xí)實訓(xùn)基地133個。
2003年4月，學(xué)校將教務(wù)處的全日制招生錄取工作，政教處的畢業(yè)實習(xí)安排及管理、畢業(yè)生就業(yè)推薦等職能工作合并成立了招生就業(yè)辦公室。2004年9月，學(xué)校成功申報設(shè)立了“云南省第202職業(yè)技能鑒定所”，取得了藥物制劑工、醫(yī)療臨床輔助服務(wù)員、醫(yī)藥商品購銷員、藥房輔助員、藥物檢驗工等15個工種的鑒定資格，并由招生就業(yè)辦公室承擔(dān)學(xué)校職業(yè)技能鑒定職能。2006年初，學(xué)校將職業(yè)技能鑒定職能劃歸教務(wù)處。2006年2月，學(xué)校升格為楚雄醫(yī)藥高等?？茖W(xué)校，招生就業(yè)辦公室也更名為招生就業(yè)工作處，屬學(xué)校中層行政職能部門。2008年學(xué)校涉外合作聯(lián)絡(luò)的工作職能交由招生就業(yè)工作處負(fù)責(zé)。2014年5月，學(xué)校將學(xué)生校外實習(xí)管理工作職能劃歸教務(wù)處負(fù)責(zé)。2014年11月，學(xué)校黨委調(diào)整充實內(nèi)部機構(gòu)設(shè)置，將對外交流合作處和職業(yè)技能培訓(xùn)鑒定中心掛靠招生就業(yè)工作處。
楚雄醫(yī)藥高等?？茖W(xué)校 學(xué)生樓
