學(xué)生在學(xué)習(xí)期間可以得到由來自文、理科各院系資深教授組成的學(xué)生學(xué)習(xí)指導(dǎo)委員會的全程指導(dǎo)。每位導(dǎo)師對指導(dǎo)對象進(jìn)行選課、選專業(yè)、學(xué)習(xí)內(nèi)容及方法、思想品德等方面的指導(dǎo)。導(dǎo)師由相關(guān)院系推薦，北京大學(xué)校長聘任。

　　自由選擇專業(yè)為了充分調(diào)動(dòng)學(xué)生學(xué)習(xí)的主動(dòng)性和積極性，元培計(jì)劃實(shí)驗(yàn)班學(xué)生原則上可自由選擇專業(yè)。學(xué)生進(jìn)校時(shí)只按文、理分類，不分專業(yè)。低年級主要進(jìn)行通識教育，在他們對北大的學(xué)科狀況、專業(yè)設(shè)置、培養(yǎng)目標(biāo)等有了進(jìn)一步了解后，可以根據(jù)自己的志趣于第二學(xué)期末提出專業(yè)選擇意向(可跨類，暫不包括外語類各專業(yè)、考古專業(yè)和醫(yī)學(xué)類各專業(yè))，一般在第三學(xué)期末最后確定專業(yè)。但每個(gè)學(xué)生修讀專業(yè)的最后確定還必須考慮相關(guān)專業(yè)教育資源及學(xué)生本人的綜合條件。